1997-2002

 《Homogenic》（台灣譯為：《雌雄同體》）於1997年發行。這張專輯的封面完全顛覆了她以往在《Post》與《Debut》中如小精靈一般的造型。專輯中碧玉選擇了與Howie B（上張專輯《Post》製作人之一）、Eumir Deodato以及英國樂團LFO （英國樂團）主腦Mark Bell進行合作。《Homogenic》是她第一張獨立概念化的專輯，亦被認為是碧玉迄今為止最具有實驗氣息的專輯之一。在專輯中隆隆作響的鼓點也隱性地折射出了冰島的全景，最能說明以上這些的就是專輯中的單曲「Jóga」了。此單曲將飽滿的弦樂以及岩石般吱嘎作響的電氣之聲合二為一。 2001年，此專輯在美國被認證為金唱片。

碧玉為了此張極富情感的專輯依舊拍攝了好些音樂錄影帶，並且有些也在MTV得到了播放。「Bachelorette」 的音樂錄影帶是由與她常合作的導演Michel Gondry所攝製，而「All Is Full of Love」的音樂錄影帶則是由導演Chris Cunningham攝製。碧玉作商業發行的這首「 All Is Full of Love」也是在美國範圍內首次有藝人發行DVD格式單曲，而這也為其他藝人發行DVD或其他多媒體格式單曲的舉措鋪平了道路。

在《Spin》雜誌的一次訪談中，電台司令主唱湯姆·約克聲稱收錄於《Homogenic》的「Unravel」是他最愛的歌，並說道：「我正試著讓我們電台司令來做個翻唱（指這首「Unravel」），因為我覺得這是我聽過的最美的歌之一了。」（ "I'm trying to get Radiohead to do a cover because I think it's one of the most beautiful songs I've ever heard."） 在2007年11月，電台司令在一場網絡直播演出中翻唱了這首歌。

碧玉在紐約無線電城音樂廳表演中，攝於2001年。

在2001年，碧玉發行了專輯《Vespertine》（台灣譯為：《晝伏夜出》）。在這張專輯中，碧玉將室內管弦樂團、合唱團、低沉人聲的元素與私人化以及脆弱易碎的歌詞主題糅合在一起，並促成了這張專輯的誕生。編曲方面，碧玉與電音二人組Matmos、丹麥DJ Thomas Knak以及豎琴演奏家Zeena Parkins進行了合作。而歌詞方面，此張專輯借鑑了美國詩人E·E·卡明斯與美國獨立電影人Harmony Korine的作品，以及英國劇作家莎拉·肯恩的作品《渴愛》（Crave）。為了配合專輯的發行，碧玉還發行了一本同名精裝書《碧玉》（Björk） ，而書中的內容大多是結構較為鬆散的短文以及一些攝影作品。為了宣傳《Vespertine》，碧玉亦在歐洲及北美各大戲院 / 歌劇院展開了一系列巡演，巡演陣容包括參與專輯創作的Matmos、Zeena Parkins以及她從巡演之前在格陵蘭島的試音選拔中選出的因努伊特合唱團。而這張《Vespertine》也成為了碧玉當時銷售速度最快的專輯，據統計截止至2001年年底已售出兩百萬張。

《Vespertine》中共有三支單曲單獨發行，分別是「Hidden Place」、「Pagan Poetry」以及「Cocoon」。MTV2台率先播放了首發單曲「Hidden Place」的音樂錄影帶，隨後此單曲以CD / DVD的介質發行。不過，專輯中第二主打「Pagan Poetry」的音樂錄影帶在該頻道播出之後引起了巨大爭議。原因則是此音樂錄影帶里能看見碧玉裸露的乳頭，並且其中還有明顯的身體穿孔以及模擬口交的鏡頭。[22]所以自此之後MTV很少播放此音樂錄影帶，若播出的話也會對錄影帶中的某些特定部分（例如碧玉在此錄影帶中裸露胸部的部分）進行刪減修改。在2002年，此音樂錄影帶終於在美國MTV2頻道的一次深夜特輯——「最受爭議的音樂錄影帶」中播出了未刪減版。第三波主打「Cocoon」（意為「蟲繭」）的音樂錄影帶由日本已故知名服裝設計師石岡瑛子執導。在此錄影帶中碧玉看起來似乎幾近全裸出鏡（但其實是穿了緊身塑體衣），且乳頭部分長出了紅色的絲線，並最終將她纏繞成繭。此錄影帶由於涉及敏感題材，所以並未在MTV播出過。

2002年，碧玉發行了Boxset盒裝專輯《Family Tree》，意在回顧她的音樂生涯。此盒裝專輯收錄了許多先前並未發行的歌曲版本，這其中就包括與Brodsky Quartet合作的作品。與《Family Tree》一同發行的還有一張精選集——《Greatest Hits》。《Greatest Hits》收錄了先前十年間碧玉以個人身份發行的大熱金曲。精選集中的單曲皆由碧玉的歌迷在她的官網上投票決定。 同時，DVD版本的《Greatest Hits》亦與CD版本一起發售。DVD版本收錄了碧玉在個人時期（從《Debut》至《Vespertine》時期止）發行的音樂錄影帶。精選集中唯一新單曲「It's in Our Hands」的音樂錄影帶由著名導演斯派克·瓊斯執導，並攀上了英國單曲榜第37名。而在拍攝此音樂錄影帶時，碧玉已身懷六甲。

碧玉在芬蘭圖爾庫市的Ruisrock音樂節演出中，攝於1998年。

碧玉在紐約無線電城音樂廳表演中，攝於2001年。